Il est aujourd'hui admis que l'ancêtre du VIH-1, responsable de la pandémie du sida, est le SIVcpz, virus de l'immunodéficience simienne transmis à l'homme par le chimpanzé. L'origine de ce virus simien restait jusqu'à présent inconnue. Une étude1 menée par l'Université de Nottingham (Grande Bretagne), l'Université d'Alabama, le centre de primatologie de Tulane (Etats-Unis) et l'unité de recherche 036 (Prise en charge du virus du sida en Afrique) de l'IRD à Montpellier vient de montrer que le SIVcpz provient d'une recombinaison entre deux virus de l'immunodéficience simienne (SIV), dont sont respectivement porteurs le singe hocheur et le cercocèbe à collier blanc. Cette découverte que vient de publier Science conduit à d'importantes considérations sur le plan épidémiologique.
La question de l'origine du VIH-1, responsable de la pandémie du sida, agite la communauté scientifique depuis de nombreuses années. Il est maintenant admis que la présence du virus (VIH-1) dans la population humaine résulte d'une transmission inter-espèces du SIVcpz, du chimpanzé à l'homme, vraisemblablement par la chasse et la consommation de viande de brousse infectée. Cependant, la présence et l'origine de ce virus chez le chimpanzé suscitent encore de nombreuses questions. Le chimpanzé est en effet le seul primate de la famille des grands singes à être naturellement infecté et la prévalence de l'infection à SIV chez celui-ci est faible comparée à celle des petits singes. Une étude menée par l'Université de Nottingham, l'Université d'Alabama, le centre de primatologie de Tulane (Etats-Unis) et l'unité de recherche 036 (Prise en charge du virus du sida en Afrique) de l'IRD vient d'éclaircir l'origine du virus de l'immunodéficience simienne chez le chimpanzé.
Ces résultats ont pu être obtenus à la suite d'un étude séro-épidémiologique de grande ampleur menée par l'IRD sur la viande de brousse vendue sur les marchés au Cameroun. Celle-ci a montré que la population humaine est en contact avec une diversité considérable de virus de l'immunodéficience simienne (SIV)2. En caractérisant les séquences de génomes complets de ces SIV, les chercheurs ont d'une part découvert que le SIVgsn, virus du singe hocheur (Cercopithecus nictitans), petit singe très répandu au Cameroun, possède le gène de régulation vpu, un gène qui n'avait été identifié jusqu'à présent que dans le génome du VIH-1 et dans celui de son homologue, le SIVcpz du chimpanzé. Ils ont d'autre part mis en évidence que la protéine d'enveloppe du SIVgsn présente de fortes ressemblances avec celle de ces deux virus. Parallèlement, les scientifiques ont montré que le SIVrcm, le virus du cercocèbe à collier blanc (Cercopithecus torquatus) a un génome hybride qui présente notamment des homologies avec celui du SIVcpz au niveau du gène pol.
Les analyses phylogénétiques approfondies réalisées ensuite sur ces virus ont mis en évidence que le virus du chimpanzé (SIVcpz) provient d'un recombinaison entre les deux virus, le SIVgsn du singe hocheur et SIVrcm du cercocèbe à collier blanc. Ce virus recombinant, à l'origine du VIH-1 chez l'homme, circule maintenant parmi la population de chimpanzés. Ces résultats impliquent que les chimpanzés sont infectés depuis moins longtemps que les autres primates d'Afrique. Cependant, l'absence de pathologie chez le chimpanzé contaminé par le SIVcpz montre que la co-évolution de ce virus recombinant chez cet hôte s'effectue de longue date.
Comment les chimpanzés ont-ils pu être contaminés ? Ces primates sont connus pour être les prédateurs d'autres espèces de singes, et notamment les singes hocheurs et les cercocèbes à collier blanc. Il est alors fort probable que leur contamination se soit faite, comme pour l'homme, par cette voie.
Ces nouveaux résultats sont d'une grande importance sur le plan épidémiologique. Il apparaît notamment essentiel de déterminer dans quelle mesure les chimpanzés ne seraient pas infectés par d'autres types de SIVs qui pourraient être transmis plus facilement à l'homme après adaptation chez ce grand primate. Pour l'heure, il n'existe aucune preuve de transmission à l'homme des nouvelles souches virales identifiées au cours de ces recherches. Des études ont cependant montré que plusieurs types de SIV pouvaient se répliquer dans des lymphocytes humains et qu'une contamination de l'homme, voire l'apparition d'un VIH 3, pouvait être envisageable. Une telle transmission pourrait aussi être à l'origine de nouvelles souches virales, entre autres par recombinaison avec les VIH existants, et contribuerait à élargir l'éventail, déjà très étendu, des virus du sida qui circulent actuellement